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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
16/05/2014 |
Data da última atualização: |
16/05/2014 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. |
Afiliação: |
SUZANA TIEMI IVAMOTO, Universidade Estadual de Lodrina; DAVID POT, CIRAD; SERGIO DIAS LANNES, EPAGRI; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; LUIZ GONZAGA ESTEVES VIEIRA, IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
Título: |
Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. |
Ano de publicação: |
2013 |
Fonte/Imprenta: |
Coffee Science, Lavras, v. 8, n. 2, p. 148-156, abr./jun. 2013. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação dos mesmos (qualidade de cromatograma). Foram identificadas seis isoformas para PAL, uma para C4H, seis para 4CL, duas para CQT e duas para C3?H. Os contigs formados apresentaram um total de 248 polimorfismos (236 SNPs e 12 INDELs), sendo 201 na região codante (127 não sinônimos e 74 sinônimos). A frequência dos polimorfismos foi maior nas regiões UTRs (1pol/54pb), em relação à codante (1pol/81pb). A análise das sequências de C. arabica permitiu a identificação de 2 subgrupos diferentes de sequências, referentes aos seus genomas ancestrais (C. canephora e C. eugenioides). Foi observada a presença de 67,4% dos polimorfismos entre os grupos ancestrais e 32,6% dentro dos grupos em C. arabica. Esses resultados vêm permitindo definir genes tanto para estudos de expressão de homeólogos de CGAs como para o desenvolvimento de marcadores moleculares para o mapeamento genético. MenosOs ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação dos mesmos (qualidade de cromatograma). Foram identificadas seis isoformas para PAL, uma para C4H, seis para 4CL, duas para CQT e duas para C3?H. Os contigs formados apresentaram um total de 248 polimorfismos (236 SNPs e 12 INDELs), sendo 201 na região codante (127 não sinônimos e 74 sinônimos). A frequência dos polimorfismos foi maior nas regiões UTRs (1pol/54pb), em relação à codante (1pol/81pb). A análise das sequências de C. arabica permitiu a identificação de 2 subgrupos diferentes de sequências, referentes aos seus genomas ancestrais (C. canephora e C. eugenioides). Foi observada a presença de 67,4% dos polimorfismos entre os grupos ancestrais e 32,6% dentro dos grupos em C. arabica. Esses resultados vêm permitindo defi... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
CGAs; ESTs; SNPs; SSRs. |
Thesagro: |
Marcador molecular; Polimorfismo. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/102245/1/Diversidade-nucleotidica-de-genes.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Registros recuperados : 24 | |
4. | | IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; CARAZZOLLE, M. F.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptoma de frutos de Coffea arabica L. ao longo do seu desenvolvimento inicial. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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5. | | IVAMOTO, S. T.; CELEDÓN, J. M.; YUEN, M. M. S.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.; BOHLMANN, J. Biochemical and molecular analysis of Coffea arabica to identify candidate genes related to diterpenes biosynthesis. In: INTERNATIONAL MEETING ON BIOSYNTHESIS, FUNCTIONS AND SYNTHETIC BIOLOGY OF ISOPRENOIDS, 12., 2015, Vancouver, Canada. Porter... Vancouver, Canada: University of British Columbia, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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6. | | SANT'ANA, G. C.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D.; FERREIRA, R. V.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Genomic regions related to altitude adaptation in Coffea arabica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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7. | | IVAMOTO, S. T.; CELEDÓN, J. M.; YUEN, M. M. S.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.; BOHLMANN, J. Molecular and metabolite analyses of Coffea arabica L. fruits to identify candidate genes for diterpene biosynthesis. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls, Brazil. Summaries... Rockville, USA: American Society of Plant Biologists, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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8. | | IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Coffee Science, Lavras, v. 8, n. 2, p. 148-156, abr./jun. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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9. | | IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; SAKURAY, L. M.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in leaves, flowers and initial fruit development of Coffea arabica L. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE INTERNATIONAL, 23., 2015, San Diego, CA. Poster..., 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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10. | | IVAMOTO, S. T.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Análise in silico da expressão gênica de citocromo p450 relacionada ao metabolismo de diterpenos em Coffea. In.: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | PAGIATTO, N. F.; IVAMOTO, S. T.; SERA, T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D.; PEREIRA, L. F. P. Evaluation of kahweol and cafestol levels in Ethiopian Coffea arabica L. accessions grown in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 217Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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12. | | SANT'ANA, G. C.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; SCHOLZ, M. B. B.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Genomic regions associated to lipids and diterpenes contents slected during domestication and breeding of Coffea arabica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 72Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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13. | | IVAMOTO, S. T.; POT, D.; CHARMETANT, P.; MARRACCINI, P.; FERREIRA, L. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes in Coffea arabica: biochemical aspects and transcriptional analysis of candidate cyps involved in cafestol and kahweol biosynthesis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 216Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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14. | | SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACS. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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15. | | LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D. Polimorfismos nucleotidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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16. | | LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D. Polimorfismos nucleotpidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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17. | | IVAMOTO, S. T.; CALEDÓN, J. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; BOHLMANN, J.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis and characterization of genes involved in diterpene biosynthesis in coffea arabica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 105Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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18. | | YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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19. | | IVAMOTO, S. T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; ANDRADE, D. S.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. In silico analysis of cytochrome p450 genes involved in the metabolism of diterpenes in Coffea. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 3., 2011, Ilhéus. Resumos...Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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20. | | IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P. Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Plant Physiology and Biochemistry, v. 111, p. 340-347, Dec. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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